Аниме «Доктор Стоун» расскажет про двух парней, очнувшихся спустя тысячелетия в новом мире. Однажды, планету Земля постиг страшный катаклизм, большой выброс энергии из космоса превратил все живое в камень. Спустя сотни веков, из каменного заточения выходит Сенку Ишигами – гениальный молодой человек, который сразу же начинает искать способ спасти остальных....

Когда-то на Земле было обнаружено отверстие, уходящее глубоко в недры планеты. Его назвали Бездной. Там живут опасные существа и хранятся ценные реликвии с древних времён. Девочка Рико мечтает стать отважной исследовательницей Бездны, какой была её погибшая мать. Но пока Рико лишь одна из множества младших помощников, выполняющих тяжелую работу на самом...

В 2021 году человечество подверглось атаке вируса-паразита гастреа, превращавшего людей в монстров. Те немногие, кто смог выжить, укрылись за монолитными стенами, которые были сделаны из материала под названием вараниум, способного нанести вред гастреа. Парень по имени Рэнтаро Сатоми состоит в организации, которая борется с врагом, а каждая его миссия...